自唐太宗贞观元年敕封少林寺僧徒“招僧兵，参政事”之后，少林寺就有了公开的地方武装。这支地方武装，曾经真正为国家、为民族建立了可歌可泣的功勋。明代中叶，少林僧兵在东南沿海参加抗击倭寇的战争。《少林寺志》上有这样一段记载：“嘉靖中，少林寺武僧月空受都督万表檄，率领三十多名僧兵，赶赴松江一带御倭。在对倭作战中，僧兵用铁棍击杀了大量倭寇。”《云间杂志》中记载，少林僧兵到了抗倭前线，“傍贼结营，一贼舞刀而来，月空不动，将至，忽跃起，从贼顶过，以铁棍击碎贼首。于是，诸贼气沮。后因僧兵救人心切，中敌埋伏，寡不敌众，全部殉难。”
从塔林中还可以看出：明代正德年间，三奇和尚曾奉武宗圣旨，镇守山陕有功，被封为提督；嘉靖年间，参公和尚被征调去镇守边关，随军征战立功的还有万庵、便公等和尚；万历二十三年立的一通石碑上刻有“本寺武僧，强兵护国”，此碑立于寺内，至今犹存；《明史·兵志三》上，“尚有倭乱，少林僧应募者四十余人，战亦我胜。”又有“嘉靖中，逐倭至岛上，焚其舟”等记载。
少林寺僧徒中，至今还流着少林和尚平倭寇的故事。如“月空和尚平倭寇”、“小山和尚挂帅平倭寇”等。
“月空和尚平倭寇”的传说是：明代嘉靖年间的春天，少林寺方丈坦然大师，接到闽州提督万表的一封檄文，要少林寺选派武僧到东南沿海平定倭患。坦然和尚就让大弟子月空法师，沿用“打出山门才出寺”的老规矩，选拔出的有月忠、玉田、古泉、古峰、了心、彻堂等三十多个武僧，一人发给一匹马，一同朝东南沿海赶去。
他们晓行夜住非止一日，这天到了丰州，距泉州还有数十里路程，就已听到倭寇正在侵扰泉州的消息，便一齐加鞭催马赶去救援。离泉州还有一里多路时，天色已晚，但是，城内哭喊之声已隐约听见。月忠和尚，早已不能忍耐，便把长枪、短刀、齐眉棍一齐拿了出来。月空和尚进行了一番部署，就兵分三路：一路冲进城去救援，一路抄到城东断贼援兵和退路，留下一路在此掠阵。
月空和尚部署完毕，就跟在月忠的背后一直冲进城去。月色之下一眼看见几名倭寇，正拉着十多名妇女向东走去。月忠便窜上去手起斧落砍杀了两名倭贼，另一个倭贼举刀相迎，被月忠一斧砍掉了肩膀，一斧又结果了性命。月空等人赶去一齐杀散了倭贼，救下了这群妇孺，继续朝着前边杀喊之声大震的方向赶去。
原来，那里有一群倭贼，正和一队官军对垒。大伙便一声呐喊冲了进去，和官军一起同倭贼拚杀起来。月空和尚的一条齐眉铁棍使开来神出鬼没，月忠和尚的两柄板斧更使倭寇胆寒心惊。众弟子也都把平日练就的功夫拿了出来，刀枪并举，不多一会儿，就把倭贼杀得七零八落，冲出东门而逃。官军和僧兵也紧追不放，一齐追出城去。
倭贼出城，正在落荒逃命，突然，被十多个少林和尚挡住了去路，倭贼被前后夹击死伤大半。这时，天色微明，官军要大家退回泉州城去。月忠和尚却杀得性起，他哪里肯停下脚步。一直追赶了十多里远。前面闪出了一条小河，河上架着一座拱桥，倭贼窜过桥后，月忠和尚也赶过了桥去，后面紧跟着的古泉沙弥，觉得这样紧追不妥，便叫了声：“师叔休走，怕中埋伏。”月忠和尚却头也不回地说：“怕他鸟甚？”话还没完，“扑通”一声，就跌进陷阱中了，两边冲出二十多个倭贼，齐用挠钩封锁了陷阱。
古泉一看师叔被捉，便飞步上前抢救，倭贼又抛出绊马索，几乎将古泉绊倒。幸好古泉使用的是一柄单刀，便抡开来割断了绳索。一个倭贼见势不妙，飞步上前，从背后抱住了古泉，古泉一抖身子，就把这个倭贼摔脱了手，回手一刀结果了他的性命。接着，又扑上来两个倭贼，古泉一把单刀左盘右旋，“嚓嚓”两声，那两个倭贼早做了刀头之鬼。
月忠呢，在陷阱中越发性起，便直向上猛窜，终因上有密密的挠钩，怎么也窜跳不出。古泉一看师叔马上就要被捉，更是气愤填膺，便不顾一切地冲了过去，一把单刀又斩杀了十多个倭贼。这时月空和尚和官军也赶过桥来，大伙救起了月忠，才一齐回到泉州。后来，万表都督又拨给月空和尚一千人马，让少林和尚自为队伍，驻守泉州。
战败的倭寇一直不敢来犯泉州，退到东海中的一座七星岛上。月空和尚为了捣毁倭贼巢穴，杜绝后患，让玉田、古泉等弟子，扮成当地农夫模样，在倭贼登陆抢粮的时候，故意让倭贼拉上贼船，打入内部去当苦力。接着，月空和尚同月忠等乘坐一艘大船，尾随贼船也向七星岛赶去，准备内外夹攻，拔掉倭贼在七星岛上的据点，又联络官军配合作战。
玉田、古泉等随贼船到七星岛后，被倭贼催逼着把粮包一一扛到岛中央的蝎子山上。他们强压着心中怒火，扛着粮包艰难地向上爬，到了山顶借机细细地察看了地形。那里原来是一块有数十亩大的平坦地方，上面盖有一百多间房子。岛上也有抢来的一群群民女。一个倭贼矮胖身段、光头顶、白面皮，挽着一个妖里妖气的倭妇，在院中行走，听一位农夫说：这就是倭贼的头目。玉田、古泉一看这种魔鬼世界，早已火冒三丈，真想窜上去斩杀他几个。
天将黑下来了，船上的粮包还没扛完，玉田、古泉正从山上向粮船方向走。忽听船上的倭贼“叽哩咕噜”地大声阻止迎面开来的航船，玉田等知道是师父们到了。就窜上前去，结果了这些倭贼的性命。接应月空师父率领的僧兵下得船来，一个个操起兵器冲上了蝎子山。
山上倭贼听到山下喊声，拔出腰刀迎了上来。月空、月忠和弟子们，手中的刀、棍，似疾风如电掣，一会儿就杀得倭贼尸横遍野，剩下的倭贼见大势已去，一声呼啸逃下了山去。月空、月忠等师徒也不追赶，一会儿，四面八方放起了火器，后到的官军已把倭贼团团围住。月空师徒马上又刀、棍并举地斩杀起来。玉田正杀得起劲，忽然看见那贼首从面前闪过，便大喝一声，一棍扫来，送他上了西天。转过头来，见那个妖里妖气的倭妇，已跪在地下求饶。这时，官军放着火器协同作战，整个岛上的两千多倭贼，一个也没跑掉。
此后，嘉靖皇帝为了嘉奖月空师徒平倭有功，各赐每人紫罗袈裟一袭。二十年后，胡宗宪、戚继光出兵杭州平倭时，少林和尚又帮他练兵，建下了不朽功勋。而明代小山和尚三次挂帅平倭有功，获得嘉靖皇帝的封赐，特为他在少林寺山门前，树立起双旗杆。现在，两边旗杆的夹杆石还在。而过去少林寺僧人为国立功，所记录的《征战立功簿》却于1928年同很多经书一起，毁于火厄之中了。
