清朝时期，尤其是康熙执政后期，对少林僧人习武的抑制，是有其社会背景的。汉人自古就有正统情结，在当时的一些汉人看来，清朝皇室是“蛮夷”，无权做中华之主，天下理所当然应该是汉人的。在这种正统情结下，很多地方秘密成立的“反清复明”组织，似乎都能从明代少林武僧英勇善战的故事中，找到某种精神符号，其中最具有代表性的是天地会和白莲教。
天地会的成员无论武技是否出自少林，都自称“武从少林寺学”。天地会对外称“洪门”，所谓“洪门”，实则取自明太祖朱元璋的年号“洪武”。天地会门人用诗歌的形式与少林寺“拉近乎”，其中有首诗在南方相当流行：“凶猛洪拳四海闻，出在少林寺内僧；普天之下归洪姓，相扶明主定乾坤。”
天地会组织还煞有介事地编造了一个“火烧少林寺”的故事，故事的大概意思是说：康熙时，西鲁造反，清兵去了没打过人家。于是，皇帝下榜昭告天下，能征服西鲁者，封万户侯，赏万两金。少林寺武僧撕了榜，出征西鲁，大胜而归。此后，有人诬告少林武僧谋反，康熙皇帝不分青红皂白，派大军夜袭少林寺。趁着僧侣熟睡之际，清军一把火烧了少林寺。
其实，根据清朝的历史记载，少林寺根本没有被烧过。天地会组织的杜撰，也可以理解，毕竟天地会的力量太弱小了。面对清朝帝国庞大的军事力量，天地会组织希望武艺高强的少林武僧被自己的故事感动，然后出手协助自己“反清复明”。他们幻想少林僧兵能像1553年抗击倭寇那样，用武力战胜一个王朝。除了天地会，白莲教也同样利用“少林武功”为自己壮胆鼓劲。
到了清代末期，少林武术已经成为匡扶正义的文化符号了。作为文化符号的少林武术，不仅深刻地影响着具有政治倾向性的民间教门，还影响了当时及后世的文学作品。少林武僧的形象，逐渐生动地出现在蒲松龄的《聊斋志异》、清凉道人的《听雨轩笔记》、刘鹗的《老残游记》等小说中。到了金庸、古龙、梁羽生等人的武侠小说，少林武僧的形象就随处可见了，少林武术也成了最强武功的代言。
