《诗经·大雅·嵩高》云：嵩高维岳，峻极于天。嵩山自古就被认为是神灵出没，仙人得道的圣地。汉晋以来，佛教、道教已在这里传播。东汉道士张道陵、刘根，三国时道士郗元节，西晋时道士鲍靓等都曾修炼于嵩山。建于东汉时期的洛阳白马寺和嵩山法王寺、慈云寺，建于北魏时期的嵩山少林寺、洛阳永宁寺和嵩山闲居寺（隋改为嵩岳寺，今名）都是举世闻名的佛教寺院。相传仅嵩山一地就兴建有佛寺72座。人称嵩山名蓝以百数，惟少林最著。
少林寺位于河南省登封市西北部，其东北74公里为省会郑州市，正北过鄂岭口即为偃师市，自偃师西北行可达九朝古都洛阳市。少林寺的地理坐标是：北纬34。31'28.31"，东经112。56'08.49"，这里是中岳太室与少室分界处鄂岭口以南的小盆地。少林寺坐北向南，面对少室山阴，背依五乳奇峰。少林寺像嵩山的一颗璀璨明珠，镶嵌在太室山与少室山相接的山口中间，尽览二室之胜，气魄之大，山林之幽，令人叹止。
嵩山属伏牛山系，主脉在登封市西北部，余脉延及新密市、巩义市境内，连绵60多公里。嵩山古称外方山、太室山、嵩高、黄室、崇山等。夏商之际，已称嵩山为中岳。西周时曾以华山为中岳。至周平王东迁洛邑之后，则以嵩位中央，左岱(泰山)右华(华山)，仍定嵩山为中岳。西汉史学家司马迁说：昔三代之君，皆在河洛之间，故嵩高为中岳。（史记封禅书）唐武则天于天册万岁元年（695年）封禅嵩山时，又改中岳为神岳。宋代以降，历称中岳嵩山，并沿用至今。嵩山主要由太室山(居登封城北)和少室山(居城西)组成，中岳嵩山为其总称。嵩山主峰为太室山之峻极峰。太室山主峰高1494米；少室山主峰高1512米。太室山体雄壮，形如卧龙，又居于东侧，故为嵩山之主山；少室山势峻峭，而不及太室壮阔，虽略高于太室，却不能作为主山。所谓华山如立，中岳如卧，即以太室山形而言。
千百年来，嵩岳山麓寺庙林立，秦汉之际已建有太室祠、少室祠、启母庙、法王寺和慈云寺。北魏至明清以来，佛寺越来越多，而且大多建在太室南麓登封城的周围。唯有少林寺，建寺时间虽早，但偏偏选寺址于登封西北边陲之地。跋陀随北魏孝文帝南迁洛阳之后，孝文帝为他在洛阳建造了一座静院，供他修炼禅法。可是，跋陀性爱幽栖，林谷是托，屡往嵩岳，高谢人世，孝文帝便诏令在少室山阴，为跋陀创立了千古名刹少林寺。当年，这里满目青山，少溪河(又名少阳河)自西向东潺潺流淌，气候清新宜人，是一处适合静心修禅的场所。少林寺寺名也充满了崇法自然的特色，清代景日昣在《说嵩》中解释说：少林者，少室之林也。寺居少室山阴的丛林之间，定名少林，正是跋陀息心山林这一性格特征的体现。
少林寺周边的环境，确是穷自然之造化。对面是少室山北麓，即少室山阴，俨然一道天然巨屏，横亘于古刹之前，充满着神秘色彩。巨屏之中，耸立着层层奇峰，千姿百态。其中最有代表性的山峰有五座，自东而西分别为旗峰、鼓峰、剑峰、印峰、钟峰，皆以其山峰之形而定名。其中鼓峰又称钵盂峰，其巅有一巨石独立，传为二祖慧可之养臂台，亦称炼魔台。此台四壁如削，形若天赐芙蓉，一径盘绕其周，可达台之顶部，居高四望，如临仙境。每逢雨过天晴之时，自少林寺方丈室门前翘首南望，只见在对面阴暗的丛林间，有一片白皑皑的雪景，独自闪着白光，这就是嵩山有名的八大胜景之一少室晴雪。白雪 实乃一斜面巨石，雨后石面湿润，阳光照射呈现出的白色奇观。附近草深穴多，古时常有野兽出没。乱世间又为兵家屯兵之地。据清乾隆五十二年（1787年）《登封县志》记载：《新府志》：登少室者，由东北过三定思，入东天门上绝顶，俗呼御寨。盖金宣宗屯兵其上也。此后，明末农民起义军首领李际遇也在山上屯兵驻扎，称作大寨。
在少林寺的背面，毗连起伏的五乳峰。登极顶北望，大河蜿蜒一线，俯视少林，尽收眼底。清代朱枫有佳句翠岭回幽谷，青溪锁少林。其间多翠柏杂木，每年秋季，红叶如云，随风摇曳，绚丽如画。山麓中有一座神秘的石洞，演绎出千古传诵的少林禅宗史话。这洞深4米，临崖而立，名曰达摩洞。相传，在达摩来此修炼壁观大法之前，洞中盘踞着一条巨龙，当此龙得知达摩要选此山洞修炼时，便毅然离洞而去。于是，达摩祖师便在洞内苦修了九年(一说十年)，终获成功。
东望太室山东麓，奇峰如笋，层层巍列。太室古迹甚多，自东而西有龙潭寺、中岳庙、太室阙、启母石、启母阙、崇福宫、嵩阳书院、大唐碑、崇唐观、老母洞、大法王寺、嵩岳寺、会善寺、永泰寺等。从嵩阳书院东侧拾级而上，可直达太室顶峰。山顶尚有古建筑遗址，近年又重建了一些殿宇。
在太室与少室之间，有一条自登封通向偃师、洛阳的盘山公路，至高点便是有名的鄂岭口。登封八景之一的轩辕早行即指此地。这里地势险要，公路傍临，曲折盘旋，今称十八盘，是历来兵家必争之地。阚骃《十三州志》曰：轩辕道凡十二曲。唐高宗入嵩山，凿石开广。宋知县马仲甫，悯道险厄，佣民凿平为坦途，其上置关，曰轩辕关，则东汉何进所置八关之一也。关楼已毁，但关址犹存，在鄂岭口东南向浅峡谷中，现存券洞式关门一座，一伏一券，皆用料石砌造，阔门上还保留着刻有古轩辕关四字的石额。
唐代裴漼曾如此称赞少林寺优胜的地理、建筑环境 ：东京近甸，太室西偏，正气居六合之中，清都控九州之会，缑山北峙，亘宛洛之天门二室回合，八谷潺湲，地迎贝花，门连石柱，妙楼香阁，俯映乔林。唐代大诗人白居易携友从龙潭寺至少林寺览胜，赋诗曰：
山屐田衣六七贤，
搴芳踏翠弄潺湲。
九龙潭月落杯酒，
三品松风飘管弦。
强健且宜游胜地，
清凉不觉过炎天。
始知驾鹤乘云外，
别有逍遥地上仙。
少林寺的初创时期南北朝时期
跋陀开创少林寺
汉代以来，佛法东传，至南北朝时，已达鼎盛。据北齐魏收所撰《魏书释老志》记载，魏孝文帝太和元年（477年）三月，整个北魏境内的寺院多达六千四百七十八所，僧尼七万七千二百余人；仅都城内便建有佛寺百所，僧尼多达两千余人。皇帝还招纳西域胡僧，并为之建筑精舍传法。少林寺即是在这一历史背景下，由皇室敕建的佛寺。
少林寺的创建年代为北魏太和十九年（495年）。关于少林寺创建初期的纪事，唐代裴漼在《皇唐嵩岳少林寺碑》中记述颇为详实：少林寺者，后魏孝文之所立也。沙门跋陀者，天竺人也，空心玄粹，惠性淹远，传不二法门，有甚深道业。缅自西域，来游国都，孝文屈黄屋之尊，申缁林之敬。太和中，诏有司于此寺处之，净供法衣，取给公府。接着《寺碑》又记述了跋陀主寺之后兴建殿堂宝塔的佛事活动：法师(跋陀)乃于寺西台，造舍利塔，塔后造翻经堂。香水成涂，金绳为约。苦心精力，俾夜作画。多宝全身之地，不日就功。如来金口之说，连云可庇。跋陀息心兹地，乐静安居，感而遂通，境来斯证。时有三藏法师勒那，翻译经论，游集刹土除勒那外，菩提流支也来这里译经，所译的内容主要是《十地经论》。这说明少林寺颇受高僧们的重视，而且到此慕名求法者多达数百人。跋陀向他的弟子们讲授的是小乘佛教经义。小乘，即梵语希那衍那的意译。其教义主要以自求解脱为目标，故为自调自度（即灭除烦恼，证果开悟）之声闻、缘觉之道，而异于大乘自利利他二者兼顾之菩萨道。(宽忍《佛学辞典》）跋陀晚年移居寺外，将终，手画神像于门壁。（清景日昣《说嵩》卷二十一）
跋陀是禅律并重的高僧。他的两大弟子僧稠（480—560年）和慧光（487—536年）继承了他的事业。跋陀僧稠一系的禅法是印度传统的四念处、五亭心的止观禅法。有人概括为三藏心禅。僧稠(稠禅师)，钜鹿人氏，俗姓孙。跋陀称他为葱岭以东学习禅法最好的一个。跋陀称赞他说：自葱岭以东，禅学之最，汝其人矣！《寺碑》亦云稠禅师探求正法，主持塔庙。北齐末年僧稠被尊为国师大德，成为中国北方旧禅法的代表人物。
跋陀的另一大弟子慧光，俗姓杨氏，长卢人。他聪敏出众，被称作圣沙弥。他曾助跋陀翻译《十地》等佛教著作，还开释《华严》《维摩》《涅槃》等经论，成为名重一时的北齐名僧，被后世尊为中国佛教地论宗的鼻祖。《寺碑》说：慧光弟子僧达、昙隐、法上法师等十大德，亦号十英。尤其是法上法师，在探研诸经中，很有成就，成为东魏、北齐时期著名高僧，被誉为京师极望，道场法上。
菩提达摩游化嵩洛
北魏孝昌三年（527年）之后，梁大同二年（536年）之前，又一位西域名僧游化于嵩洛一带，他即是后世尊为禅宗初祖的菩提达摩。杨衒之《洛阳伽蓝记》卷一(城内)就有关于菩提达摩游化嵩洛的记载：永宁寺，熙平元年（516年），灵太后胡氏所立也。时有西域沙门菩提达摩者，波斯国胡人也。起自荒裔，来游中土自云：年一百五十岁，历涉诸国，靡不周遍。而此寺精丽，阎浮所无也。极物（佛）境界，未有此。口唱南无，合掌连日。
释道宣撰《续高僧传》对达摩的活动记述颇详 ：菩提达摩，南天竺婆罗门种初达宋境南越，末又北度至魏。随其所止，诲以禅教。其时，合国盛弘讲授(旧禅法），乍闻定法，多生讥谤。有道育、慧可，此二沙门，年虽在后，而锐志高远。初逢法，将知道有归。寻亲事之，经四五载，给供谘接，感其精诚，诲以真法，如是安心，谓壁观也。大约在527年后，年近四十的慧可见到了菩提达摩，奉以为师，毕命承旨，从学六载，精究一乘，理事兼融，苦乐无滞。达摩授以四卷《楞伽经》，并说：我观汉地，唯有此经，仁者依行，自可度世。达摩所传为大乘佛教，在多种入道的途径中，最重要的是二种，即理与行。所谓理，亦名理入，要求学道者，首先领悟修炼的宗旨，深信所有人都有同一的真性，只要能舍去世俗上的虚伪，归依本来的真性，坚定不移，不随他教，即可与修道的宗旨冥符，寂然无为，则为理入。所谓行，或曰行入，主要有四，即报怨行、随缘行、无所求行与称法行，即性净之理也。达摩的传法活动受到了旧禅法的剧烈反对乃至迫害，其弟子慧可和昙林在邺城也屡遭不幸，甚至被教敌买通的歹徒砍断臂膀，长期过着乞食苦行的生活。
达摩、慧可师徒尝托兹山，应是栖身于少室山附近的禅窟或庵庐之内，并无寺院可居。也许这便是达摩洞、初祖庵、二祖庵、炼魔台乃至嵩岳寺后三祖庵等纪念建筑与古迹均远在寺外的历史原因。达摩卒于梁大同二年（536年）十二月，葬于熊耳山（今河南省陕县西李村乡支沟村南），此地后建有空相寺。
达摩衣钵法器，一向单传。达摩传法慧可，慧可又传法给僧璨。自三祖僧璨，始到南方传法。历隋、唐二朝，达摩禅法回到北方，并真正回到了称为禅门祖庭的嵩山少林寺。
周武灭法
由于北周时期宗教势力的扩大，在政治、经济等方面严重威协到皇家的统治利益，所以周武帝在举行多次 佛、道两教辩论之后，于建德三年（574年）下令全国禁止佛、道二教活动。这便是我国宗教史上有名的三武灭法中的第二次灭法活动。时少林寺属北齐，尚未殃及。至承光元年二月（577年），北周灭北齐，少林寺许多佛像被毁，僧众被遣散，寺院一度被废。大象二年六月（580年）周静帝在杨坚的支持下恢复了佛、道二教，两京各立一寺，少林寺更名陟岵寺，到隋开皇元年（581年）才恢复了少林寺原名。
隋唐时期的少林寺
少林寺更名不久，北周王朝即被杨坚的隋朝所取代。杨坚自幼在佛寺长大，信崇佛教，于开皇年中（581—600年）下诏将柏谷屯一百顷田赐给少林寺。随着寺院庄园的迅速发展，少林寺成了隋朝末年农民起义军攻击的目标。大业末年，天下大乱。在隋末战乱中，少林寺第次遭受大的兵火之灾，整个寺院被毁，仅有跋陀时建造的一塔独存。
在隋末唐初的战乱时期，少林寺僧众为了保护寺院利益，审视社会上的斗争形势，毅然站在李唐政权一边，在唐初的统一战争中起到了积极的作用，并因此受到了唐王朝的嘉奖和支持。唐武德二年（619年），王世充在洛称帝，号郑国，派其侄王仁则扼守柏谷庄，改为轘州。武德四年四月二十七日，少林寺上座善护、寺主志操、都维那惠玚等十三位僧人，在城内轘州司马赵孝宰等配合下，活捉王世充之侄王仁则，并将王仁则献于唐营，夺取了轘州城。武德四年（621年）四月三十日，秦王李世民派李安远持秦王教书，往少林寺宣慰。《寺碑》碑文也记载了少林寺因功受奖的情况，太宗文皇帝，龙跃太原，军次广武，大开幕府，躬践戎行。僧志操、惠玚、昙宗等，审灵眷之所往，辩妪歌之有属，率众以拒伪师，抗表以明大顺，执充侄仁则以归本朝。太宗嘉其义烈，频降玺书宣慰，既奉优教，兼承宠锡，赐地四十顷，水碾一具，即柏谷庄是也。唐王朝对作战立功众僧也予以加封，如上座僧善护、寺主僧志操，都维那僧惠玚、大将军僧昙宗，同立功僧普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、僧满、僧丰，计13人（唐武德四年《太宗文皇帝敕授少林寺柏谷庄立功僧》）。此即后世盛传的十三棍僧救唐王故事的原型人物。唐朝初年，因少林十三僧的战功，少林寺得以复立，土地得以归还；同时还获赐大量田产，这些都为少林寺的发展奠定了良好的经济基础。
唐朝初年，少林寺进行了大规模的恢复重建。依地势高低分为上方（西台）、下方，共有十二院。上方风景最佳，分布着翻经堂、舍利塔、跋陀灵塔、普光佛堂等建筑。
唐初少林寺以律学著称，有明遵、慈云、元素、智勤律师，虚求一义，洞真谛之源。明遵是相部宗法砺之弟子。著名的三藏法师玄奘（600—664年），家乡在少林寺西北约十二公里偃师县府店滑城村。他于贞观十九年二月六日（645年），显庆二年九月廿日（657年）两次上表，请求入少林寺译经，修禅观，并以此送终，均不获允准。唐高宗、武则天对少林寺深表关注，于咸亨（670—673年）中，乘与戾止，御飞白书，题金宇《般若碑》，留幡象及施物；永淳中（682—683年），御札又飞白书一飞字，题寺壁。（《寺碑》）永淳二年（683年）九月二十五日，武则天从高宗幸巡少林寺，曾御制诗书一首，此碑记述了武则天伴驾出游的隆重仪仗、隋末大火之后的寺院情景以及她当时的心境思绪等。
武周长安四年四月七日（704年），三藏法师义净（635—713年）在少林寺设立戒坛，依《根本说一切有部律》为标相而设。中国律仪，一向依昙无德部《四分律》为准。义净则移植了有部律仪。少林寺三纲即寺主义奖、上座智宝、都维那大举、法济等禅师及都城洛阳的大德高僧们都参加了结坛仪式。这可能是一个琉璃戒坛。唐中宗景龙年间（707—709年），曾敕授少林寺常置十大德高僧，不许缺额，也不许从别寺聘请，足见唐王朝给予少林寺的荣誉和恩宠。
唐玄宗于开元十一年（723年），敕命一行禅师将太宗教书及玄宗御书交少林寺寺主慧觉领取，后刻于裴漼所撰碑上，太宗文皇帝御书七字碑额系玄宗御书。世民二字，系太宗在武德四年所书。
唐朝后期，少林寺再遭劫难。由于社会矛盾的加剧，至唐武宗会昌五年（845年），又开始了中国佛教史上第三次灭法活动，史称会昌灭法。少林寺西塔院宋塔石铭就记载有这次灭法的有关情况：经会昌之朝，例遭魔灭。会昌之后，少林寺已元气大伤，虽屡有修复，却失去了盛唐时之宏大气派。
北周末年，中原多乱，局势多变，佛教中新、旧禅派斗争激烈。北齐天宝二年（551年），慧可向僧璨传法之后，自去邺都随宜说法。圆寂后，唐德宗赐号大祖禅师(宋道原《景德传灯录》卷三)。僧璨遵师命隐修舒州(安徽舒城县一带)。隋开皇十年（590年），朝廷曾迎他进京，敕住开善寺。但僧璨辞而未从，传授衣法于四祖道信之后，即去罗浮山，继续传化于四众。僧璨终于隋炀帝大业二年（606年）十月十五日。唐玄宗赐号监智禅师。
四祖道信，姓司马氏，世居河内(今河南省沁阳市)，后徙居蕲州(今湖北蕲春南)广济县。据《景德传灯录》载，师生而超异，幼慕空宗诸解脱门。隋大业十三年（617年)领徒众住吉州，遇隋末吉州城被围之乱。至唐高祖武德七年（624年）重返蕲春，住黄梅西北之破头山（亦称双峰山），从学者云集而至。他认为心净即佛土、心即佛，主张不要到西方求更多的佛法，自己净心修炼即可。他改变了过去不立文字的传统传法方法，开始著书立说。在修炼方面，他一改过去到处游化的头陀行苦修做法，真正开启定居寺院进行传化的方法。道信传法三十余年后，传衣钵于弘忍，是为五祖。道信圆寂于唐高宗永徽二年（651年），唐代宗赐号大医禅师。
五祖弘忍十一位大弟子中，就有慧安（俗称老安，582—709年），法如（638—689年）驻锡过少林寺。
法如禅师（637—689年），俗姓王，上党(长治)人，与慧能、神秀并称禅门六祖。从现存少林寺村东口法如禅师塔中保存完好的唐代《法如禅师行状》碑可知，法如约从唐显庆年间（656—661年）至咸亨五年（674年）八月前，一直从学于弘忍大师门下，侍奉弘忍大师长达十六年之久，直到弘忍圆寂后，才开始自己的游化生涯。法如先到淮南，后到嵩山少林寺。初到少林寺的三年中，法如仍默默劳作于大众之中，不言其身份。至垂拱二年（686年），四海标领，僧众集于少林寺，众僧人见其为人言寡而不俗，推他再振玄纲，开释禅法。他应允众望，讲法深渊，影响很大。寺碑称：复有大师法如，为定门之首，传灯妙理。弟子惠超，妙思奇拔，远契玄踪，文翰焕然，宗涂易晓。《法如禅师行状》碑称菩提达摩入魏传可，可传粲，信传忍，忍传如该碑立于武则天永昌元年（689年），当时神秀、慧能都在世，未见其提出异议，可知这一传承表较符合史实。法如是在少林寺传法讲经的第一个达摩禅传人，法如弟子中较著名者有李元圭（644—716年）及新罗僧惠超。至唐中宗神龙三年（707年），五祖弘忍的又一位高足道安（即老安)回到少林寺，不久于景龙三年（709年）圆寂并葬于会善寺。此二高僧大德回归少林寺，其意义是十分重大的。
玄宗以降，少林寺著名禅僧有元圭的弟子灵运（？—729年），普寂的弟子同光（700—770年）、昙真（703—763年）、法玩（715—790年）以及同光的弟子真坚（728—784年）等人。
五代、宋、金时期的少林寺
五代时期
会昌灭法后，少林寺声誉日减，僧众离散，几乎没有兴建什么工程，碑铭极少，塔仅存一座，有关文物古迹的文献资料亦甚少。唐僖宗广明元年（880年），法华行钧（848—925年）被请为少林寺住持。他是一位天台宗大师，早年依止于会善寺法素禅师，改研《法华经》，在本寺琉璃坛受大戒。他在少林寺召募化缘，葺修大殿，首尾三载，缔构悉成。而遇释门澄汰，遂从毁废。後值口开佛法，重励身心，复立殿堂，兼塑佛事。（五代虚受《大唐嵩山少林寺故寺主法华钧大德塔铭并序》）这一时期唯一存留下来的建筑是建于五代后唐同光四年（926年）的法华禅师塔（五代之塔在河南省仅存两座，另一座在武陟县妙乐寺），该塔是由博士侯建镌字，造塔博士郝温所造，尤当珍惜。
宋、金时期
将曹洞宗风带入嵩洛的是义青的两大弟子道楷（1043—1118年）和报恩（1058—1111年）。道楷弟子中有青江担任过少林寺住持。报恩禅师大约在1093年前在少林寺弘扬曹洞宗风，终使少林寺革律为禅。
宋、金时期的少林寺，仍保持了一定的规模。据宋崇宁四年（1105年）的一方界铭石刻可知，当时寺院还拥有较广大的土地与山林，基本上是以自然山岭为寺界，刻石为记。宋、金时期，少林寺内修建了大雄宝殿，寺外建造了初祖庵大殿及面壁之塔等建筑，还建造了5座宋塔、17座金塔。其工艺均富于时代特征，艺术价值较高。有的塔座束腰所刻化生、天马、羊等图案生动活泼，多与宋《营造法式》之图案一致，并可作为其补充。宋代的大书法家黄庭坚、蔡卞等还为初祖庵题写了碑铭。初祖庵的宋代大殿及其石刻艺术，是少林寺建筑艺术精华之所在。自金大定元年（1161年）先后有临济宗的法海（1132—1178年），悟鉴、普照、兴崇、教亨（1150—1219年）及宏相（1161—1224年）为少林寺住持。教亨是一代高僧，历主大刹。晚年至少林寺，主张三教合一。从法海到宏相，临济宗在少林寺传法五十余年。在寺院碑刻中，遗有不少宋金以下石刻，表现出自唐末开端的释、道、儒三教合一的思想。例如金代所刻的《三教圣像》碑，就以赞文与图形相结合的形式，生动形象地表现了三教合流的思想。该碑上方刻有唐肃宗李亨的《三教圣像赞》一文，内容是阐述三教本是一脉相承的：吾儒之师，曰鲁仲尼。仲尼师聃龙，吾不知聃师竺乾，善入无为。稽首正觉，吾师师师。该碑上所刻僧人画家祖昭绘的三尊立像，中立释迦牟尼，两侧为老子与孔子。这种三教合流思想，在明代嘉靖四十四年（1565年)刻的《混元三教九流图赞》碑中仍有图文表现，并且进一步提出了佛教见性，道教保命，儒教明伦，纲常是正。百家一理，万法一门的观点。
金末蒙初，曹洞宗大师万松行秀（1166—1264年）弟子东林志隆、木庵性英等相继住持少林寺。志隆在少林寺建了一所便民免费的药局，取世所必用，疗疾之功博者百余方以为药，使病者自择焉。他还派懂中医的二僧主持药局事务，时在1220年。木庵性英大约在1225年至1233年间担任少林寺住持。他是一位诗僧，人们称颂他书如东晋名流，诗有晚唐风骨。
元、明时期少林寺的大发展与中外文化交流
元朝时期
蒙古族统治者为加强其思想统治，提倡多种宗教。少林寺的地位随之明显提高，被称为祖庭、大少林寺等。明代大书法家董其昌在所撰《道公碑铭》中说：若夫震旦（中国）之少林，其西竺（西印度）之灵山乎！故海内之名蓝净刹，曰律寺，曰讲寺，曰禅寺，而少林得称祖庭；其高僧尊宿，曰律师，曰法师，曰禅师，而少林得称宗师。元明之际，一些大德高僧不仅在宗教界享有威望，而且也是政坛要人，被授予很高的封位。如元代少林高僧裕公和尚，度化千人，名声极大，佛界称其为大宗师；忽必烈即帝位后，加封其为光宗正法之号；后被封为大司空开府仪同三司之显位；圆寂后被追封为晋国公。著名书法家赵孟頫还为他写了《光宗正法大禅师裕公之碑》。裕公住持少林寺时，确立了少林寺宗法制度，他制定了七十字的传法辈份：福慧智子觉，了本圆可悟。周洪普广宗，道庆同玄祖。清净真如海，湛寂淳贞素。德行永延恒，妙本常坚固。心朗照幽深，性明鉴崇祚。衷正善禧禅，谨悫原济度。雪庭为导师，引汝归铉路。他对元初兵火之灾后的寺院进行了大规模的整修和重建，为少林寺的中兴做出了巨大贡献。至元八年（1271年）春，世祖下诏天下的佛家弟子集于京师，其中三分之一的僧人是裕公禅师的嗣法者。
元初在寺内重建的大型建筑主要有转轮藏阁（后改作鼓楼），今此阁内巨型雕花柱础、局部雕花前檐柱以及刻有元代纪年的后檐柱等，仍保存在复建的高阁之中；其阁四重飞檐，十字脊顶，用巨大斗拱，十分壮观。另外，元代也创建了一些新的殿堂，但由于不少建筑已为明、清各代重修，面目皆非原制。元代的名僧，除裕公（福裕）外，还有足庵禅师、灵隐禅师、中林禅师、息庵禅师、凤林禅师等。
元代少林寺下院二十三所，少林寺僧达二千人之多，在历史上是空前的。众多弟子出任各地的僧官。元末红巾军四起，天下大乱，少林寺僧大多逃难，会食者二十余钵，只剩老弱残者二十多人。
明朝时期
明代初年，少林寺僧对遭受元末战火破坏的寺院进行了大规模的整修，如千佛阁、立雪亭、六祖殿、紧那罗殿、法堂、钟楼等。另外，明代还修建了众多佛塔。在塔林中，明塔多达140余座，居历代之冠。在明代，少林寺内以曹洞宗实力最强，占有主导地位，所存明碑多称曹洞正宗，所以董其昌称少林之于曹洞，亦犹鲁之秉周礼也。其时，朝廷直接过问教事，并建立了管理僧伽的专门机构。少林寺住持僧，也多受皇帝敕封。如明正德八年（1513年）《月舟禅师道行碑》称：皇明混一，天下设僧司，以总其教。这一方面说明明王朝试图把神权纳入政权的管理之中，另一方面也说明皇家承认少林寺的禅宗祖庭地位。明代高僧有子定禅师、松庭禅师、月舟禅师、小山禅师、无言道公等。
明洪武初年（1368年）子定复至少林寺。一年后僧众渐渐回寺，已达五百多人。接替子定任少林寺住持的是松庭（1321—1391年），他住持少林寺十三年，后被朝廷任命为河南府僧纲司都纲（从九品）。
俱空契斌（1382—1452年），是一个很有学问的高僧，景泰春（1450年），少林寺建大毗卢佛水陆堂，请甘州（今甘肃张掖）喇嘛道源塑毗卢佛一堂，此为与藏传佛教交流之始。无方可从（1420—1483年）、拙庵性成（1440—1501年）、归源可顺（1444—1499年）、古梅祖庭（1461—1510年）、月舟文载（1454—1522年）、静庵悟榻（1504—1552年）、宗林玉堂（约1481—1538年）等先后住持少林寺。这一时期的少林寺居于平稳发展时期。小山宗书于1558年至1565年住持少林寺，继承曹洞宗，兼开示净土法门。其弟子众多，传法于广东、福建、云南。无言正道于1592年至1609年住持少林寺，但他原属于临济宗，故在少林寺南院另立圆通行超明五字辈，至玄字辈起，才并入福裕七十字派，这就是少林寺明传曹洞，暗传临济的来历。
明代的少林僧兵，声震四方。多次被朝廷征调，镇守山陕，统征云南，抗击倭寇，取得了崇高的声誉。明末以后，登封县农民李际遇起义，占据少室山御寨，1641年，李自成义军攻占登封县城，少林寺遭到破坏。康熙二十三年（1684年），河南官员张思明在少林寺看到的情况是久经劫火，法堂草长，宗徒雨散矣，偶步千佛殿西，见榛莽荒秽中，散瓦数椽，风雨不蔽。
元、明时期，留学少林寺的日本僧人与中日文化交流及友谊
元、明之际，均有日本国僧人来少林寺修炼佛学，并担任少林寺僧职，与中国僧人结下深厚情谊，至今传为佳话。
日僧邵元（1295—1364年），法号古源，曾任日本国山阴道但州正法禅寺住持。他于三十三岁时，即日本嘉历二年（1327年）乘商船来中国，在中国留学二十一年，久居少林，被中国僧人尊称为古源上人。他曾参谒过许多古寺和名僧，至迟在元代至元二年（1336年）时已来到少林寺，并任执事僧，这年十月铸造的一口铁钟铭文中记载他在少林寺的僧职为书记。邵元到少林寺不久，就担任当山首座（地位仅次于住持和尚），协助息庵共同负责寺内事务。其间应少林僧子珍邀请，用汉文为法照和尚撰写并书丹《显教圆通大禅师照公和尚塔铭并叙》，其铭曰：
富赡常住，以公为怀。为众竭力，不吝己财。
能事已毕，掩息如灰。温起沤灭，花落花开。
宗匠逝矣，哀哉痛哉。
1973年4月17日，郭沫若先生看到了发表的此铭拓本后，作七绝一首：
邵元撰写照公塔，仿佛唐僧留印年。
花落花开沤起灭，何缘哀痛著陈言。
郭老于诗后写道：昨见息庵禅师碑，乃邵元所撰，法然所书。今见少林寺照公和尚塔铭，乃邵元撰并书。首座日僧，仿佛三藏法师（指玄奘）游学于印度时也。枢起妪灭，花落花开，颇有禅味，特惜陈言未能去看，哀痛犹芥于怀耳。（予博《郭沫若同志为中国出土文物展览和河南省画像石、碑刻拓片展览的题辞》，《文物》1973年第6期）这是对邵元所撰铭文的高度评价。
1341年，少林寺住持和尚息庵禅师圆寂后，已离开少林寺的邵元应少林寺僧的邀请，撰写了《河南府路登封县嵩山祖庭大少林禅寺第十五代住持息庵禅师行实之碑》。邵元曾和息庵禅师合力建寺，朝夕相处，共理寺务，他带着真挚之情，把息庵禅师之德行与成就和曹洞宗的高僧义青、福裕相提并论，对其住持少林寺期间的功绩，亦极口称赞，铭日：惟息庵师，耀古腾今。师道师德，万世不衰。1973年4月11日，郭沫若先生看了该碑拓本后，对其予以很高评价，指出：如此佳话，愿广为流传，以为中日两国相互学习之样板。并题诗曰：
息庵碑是邵元文，求法来唐不让仁。
愿作典型千万代，相师相学倍相亲。
无独有偶，少林寺还有一通明碑出自元末明初留学少林寺的扶桑沙门德始之手，他用汉文书写了由蒲庵来复撰文的《淳拙禅师道行之碑》。此碑是一份极为珍贵的中日友好的实物例证。
清代至民国年间的少林寺
清中叶以前，少林寺虽不如唐、宋、元、明历代兴盛，但也进行了一定规模的寺院建设，寺院范围仍比较大。明代以来，少林寺的诵经演武之风仍很流行。清政府仿效明朝，通过建立僧会司和钦命寺院住持僧等形式，对寺院和寺僧进行管理与控制。一些重要的修缮方案，也要经过皇帝审查决定。康熙和乾隆皇帝还亲自为少林寺、天王殿、初祖殿、三世佛殿、毗卢殿、达摩殿题写匾额。乾隆十五年（1750年）高宗弘历游中岳时，还住宿少林寺，并题诗留念。雍正十三年（1735年），由河东总督王士性向皇帝奏请，经世宗胤祯准奏，少林寺进行了清代历史上规模最大的一次整修。在这次寺院大修缮中，一个最大的错误是把寺对面山坡上由明代无言道公辛勤种植的大片柏树林带，时称柏阪，斩伐一空，蓊蔚秀丽的绿岭变成了一片狼藉的光山秃岭。清乾隆四十五年，还大修了千佛殿。这次大修改变了千佛殿的原有面貌。此后，修缮规模逐步变小，新的损毁又带给寺院一派衰败景象。
清代著名高僧有康熙年间的钦命赐紫传曹洞正宗第二十八代住持僧彼岸宽禅师。
清末民初是少林寺历史上的最低谷时期。由于社会政治及管理不善等原因，少林寺每况愈下。不少文人墨客为之痛心，发出感慨之词。如本县县令施奕簪在《上元后三日偕友游少林寺》五言诗中如实写道：
翻经初创寺，面壁始悬灯。
祖义今谁解，家风久乏承。
武功魔渐息，禅律讲何曾？
吴画委荒草，唐文叠石层。
琼楼藏鼠雀，丽宇聚蜂蝇。
无复前朝树，空闻古洞藤。
名山青漠漠，流水碧澄澄。
惆怅游观晚，徘徊感叹增。
从民国初年拍下的照片看，钟、鼓二楼屋面已层层崩塌，椽飞外露，十分危险；一些平房也摇摇欲坠。1928年，石友三纵兵放火，把少林寺的主体建筑，如大雄宝殿、法堂、钟楼、鼓楼、天王殿、六祖殿、紧那罗殿等，除立雪亭与千佛殿、山门外，几乎全部化为灰烬。寺僧被迫逃亡他乡。
建国以后
1948年登封解放，从二十世纪五十年代起，在国家比较困难的情况下，政府拨出专款对少林寺进行整修，但昔日气势早已荡然无存。文化大革命中，少林寺损坏又进一步加剧。十几位老弱病残僧人，二十多亩山地，殿宇坍塌，法堂草深。十一届三中全会以后，国家宗教政策相继恢复出台，少林寺的春天来临。在行正大和尚及寺僧的悉心护持下，少林寺的宗教活动逐渐得以恢复，寺庙维修逐步展开，少林武术开始演练。1981年，安徽少年刘应成来到少林寺，礼行正住持为师，法名永信。1987年，行正方丈圆寂，释永信法师全面主持少林寺工作，立志献身佛教，承继师业，光大少林品格，弘扬少林精神。
自2002年9月以来，释永信法师一直担任中国佛教协会副会长；自1998年7月以来，一直担任河南省佛教协会会长；自1998年以来，连续当选为第九届、第十届、第十一届、第十二届全国人大代表；连续三届当选全国青年联合会委员；2010年2月、2015年3月，连续当选为中国佛教协会副会长兼海外交流委员会主任。
近三十年来，少林寺在释永信方丈的带领下，弘法利生及文化交流事业上取得丰硕成果：正信正行，培养僧才；重建或整修殿宇，恢复少林禅寺昔日的气势；组建少林寺武僧团，走出国门，传播少林文化；恢复少林药局，利益众生；少林寺武僧团先后出访近百个国家与地区；英国女王伊丽莎白、南非总统曼德拉、德国总理迈克尔等外国元首约见释永信方丈；国外二百余个文化访问团参访少林寺；俄罗斯总统普京、美国前国务卿基辛格、国际奥委会主席罗格、斯里兰卡总理贾亚拉特纳等国家首脑、政府官员、世界名流参访少林寺；少林寺先后在海外设立数十个少林文化机构；世界各国习练少林功夫及热爱少林文化的达数千万人。很多外国人不知道中国郑州，而知道中国少林寺。少林寺成了中国的代名词，少林功夫成为外国人了解中国的一个重要窗口。胡耀邦、赵紫阳、杨尚昆、江泽民、李鹏、李瑞环、贾庆林、李长春等五十余位党和国家领导人视察少林寺。1997年，时任中央政治局委员的李铁映视察少林寺并题词禅拳第一；2004年，时任军委主席的江泽民视察少林寺，并题词少林文化，人类遗产；2009年，时任中央政治局常委的李长春在《少林文化信息》2009年第6期上批示：加强指导，扩大影响。2010年，少林寺被中央统战部、国家宗教局评为首届创建和谐寺观教堂先进集体。
同时，少林寺继承和发扬自己独特的优良传统，先后恢复禅堂，每年举行精进禅七，连续多年举办少林问禅；连续多年开展少林慈善行活动，扶危济困，造福一方百姓；倡办少林慈幼院，先后收养数百名孤儿，不少孩子大学毕业后进入工作岗位、服务社会；举办少林学及少林文化学术研讨会；恢复三坛大戒传戒法会，分别于2007年、2010年、2013年、2016年举行三坛大戒传戒法会，使得两千余名戒子圆具比丘戒；恢复少林药局建制，自2011年开始，每年举办一次中国佛医高峰论坛；积极推进少林文化走出去，在欧洲和北美成立少林联合会；收集整理古籍善本，丰富少林寺藏经阁古籍，先后整理出版多部著作；在欧洲和北美地区举办少林文化节，广泛开展中外文化交流活动；释永信方丈还先后在哈佛大学、斯坦福大学、伯克利学院、牛津大学等世界名校作少林文化专题讲座；2013年，少林寺被习近平主席誉为享誉世界的少林寺。少林文化已被世界越来越多的民族认同，成为连接世界人民友谊的纽带。在世界各地热爱中国文化的人们心目中，少林文化成了中华传统文化的象征。
时下，在少林寺方丈释永信法师及少林僧团的护持和努力下，少林寺得以复兴，具有根源性、唯一性、包容性和共享性等特征的少林文化，逐渐走出国门，被世界各地的民众普遍接受。目前，少林文化，人类共享的理念已赢得国际主流社会响应。
